Созданием навигационных космических аппаратов компания «ИСС» занимается с 1960-х годов, и на сегодняшний день является единственным отечественным предприятием, где проектируются и изготавливаются спутники данного назначения.
В настоящее время космическая навигация в России обеспечивается с помощью Глобальной навигационной спутниковой системы ГЛОНАСС. АО «ИСС» выступает головным разработчиком её космического комплекса, который включает в себя спутники и наземный комплекс управления.
Система ГЛОНАСС предназначена для формирования непрерывного поля навигационных сигналов, с помощью которых возможно высокоточное определение координат и скорости движения объектов, оснащённых специальными приёмниками. Её стабильная работа служит залогом успешного решения многих оборонных, экономических, социальных и научно-производственных задач.
Основу системы ГЛОНАСС составляют 24 космических аппарата на средней круговой орбите высотой 19100 км. Они расположены в трёх орбитальных плоскостях – по восемь спутников в каждой. Дополнительной гарантией устойчивого функционирования орбитальной группировки является орбитальный и наземный резерв космических аппаратов.
На данный момент в составе системы ГЛОНАСС работают современные спутники «Глонасс-М», спроектированные и изготовленные в компании «ИСС». Они обеспечивают покрытие навигационным сигналом всей территории земного шара. Также предприятие создаёт сегодня перспективные космические аппараты серии «Глонасс-К». Первые два из них уже выведены на орбиту.